רשות נחל הקישון ערכה סיכום עשור של אירועי הזיהום בקישון ויובליו. מהנתונים עולה כי משנת 2006 התרחשו כ-172 אירועי זיהום מתועדים. מתוכם, כ-56% מקורם בשפכים עירוניים, כ-27% מקורם במכוני טיהור שפכים והזרמות קולחים מטופלים, כ-9% מקורם בזיהום תעשייתי והיתר, כ-8%, ממקור אחר (בסיסי צה"ל, מקור לא ידוע וכו').
את אירועי הזיהום מאתרת הרשות באמצעות מערך ניטור מקיף ורציף שהיא מקיימת לאורך השנים. המערך מורכב מאמצעי מדידה הפזורים לאורך הנחל, סיורי שטח, בדיקות מעבדה, ניטור כימי/פיזיקלי רציף, מערכת חשיפת דגים רציפה, ניטור חסרי חוליות ומיקרואצות.
כלל הנתונים נאספים, נלמדים ושופכים אור על מצב בריאות הנחל בכל עת. באמצעות מערך הניטור הכולל, מזהה רשות נחל הקישון זיהומי סביבה אקוטיים, הנובעים בין היתר מפריצות ביוב, גלישת קולחים עירוניים ותעשייתיים, גלישות נגר עילי מזוהם מהתעשייה וכו'. את ממצאי אירועי הזיהום מגבשים לכדי ראיות ומעבירים לגורמי האכיפה במשרד להגנת הסביבה, משרד הבריאות ורשות המים לצורך חקירה ומיצוי הדין עם הגורמים המזהמים.
על פי הנתונים משנת 2007 חלה ירידה במספר אירועי הזיהום, כאשר בשנת 2015 תועדו 14 אירועי זיהום, בניגוד לשנת 2014 בה תועדו שישה אירועים.
הדבר נבע בחלקו מהחלפת תשתיות ביוב ראשיות. ההסבר לכך, כי לצורך העבודות לחיבור הקווים מרוקנים את הקו הקיים ובעת העבודות להחלפת הקווים הראשיים נוצר לחץ על התשתית הקיימת, דבר שגרם לפריצה ולגלישת הביוב דרך מערכת הניקוז אל הנחל. כאשר ישנן עבודות מתוכננות, הקבלן מבקש צו הרשאה, ומקבל הנחיות מועדה בין משרדית ברשות המים.
ברשות נחל הקישון מציינים כי הנחיית הרשות כוללת דרך כלל בקשה להכנת שטח איגום מבעוד מועד, ושאיבת השפכים המצטברים בתום העבודה חזרה למערכת הביוב.
עוד ציינו ברשות, כי הם פועלים מול משרדי הממשלה, מפעלים ותאגידי הביוב על מנת למנוע את זיהום הנחל, לשידרוג מתקנים קיימים והקמת תשתיות מתאימות.