חקירות מס מבוצעות על ידי גורמי החקירה של רשות המיסים – חקירות מס הכנסה, חקירות מע״מ, חקירות מכס וכו׳. לעתים, בשילוב ושיתוף פעולה עם משטרת ישראל ויחידות חקירה ואכיפה אחרות כאשר קיים חשד לביצוע עבירות נוספות כגון הלבנת הון וכו׳.
