המבצע פעולה או עסקה בנשק, בחומר מזיק או במתקם רגיש למטרות טרור יהיה צפוי לענישה של 20 שנות מאסר או קנס בגובה של פי עשרה מהקנס הקבוע בחוק. המבצע תפקיד ניהולי או פיקודי בארגון יהיה צפוי לעונש של 10 שנות מאסר, ואם הפעילות היא פלילית הענישה תוחמר לעד 15 שנות מאסר. מי שעושה עבירה של פעולה ברכוש למטרות טרור יהיה צפוי לעונש של 10 שנות מאסר או קנס בגובה של פי 20 מהקנס הקבוע בחוק.
המאמן טרוריסטים יהיה צפוי לעונש של 9 שנות מאסר, ואילו המקבל אימון שכזה, המגייס חברים לארגון או המבצע פעילות בעבור הארגון, וכן המאיים לבצע מעשה טרור, יהיה צפו לעונש של 7 שנים. ואילו כל חבר אחר בארגון, מי שמפרסם קריאה ישירה או עידוד למעשה טרור, או יעמיד אמצעים (כמו הסעה, מזון, בגדים וכסף) לרשות ארגון טרור, יהיה צפוי לעונש של 5 שנות מאסר. עונש דומה יחול על מי שייתן שירות או יעמיד אמצעים לרשות ארגון הטרור, אלא אם הוכיח שלא היה מודע לכך שהארגון הוא ארגון טרור.
ענישה קלה יותר, של 3 שנות מאסר, תחול על מי שעושה מעשה פומבי של הזדהות עם הארגון, כולל פרסום דברי שבח, תמיכה או אהדה, הנפת דגל, הצתה או פרסום של סמל, או הצגה, השמעה או פרסום של סיסמה או המנון. ענישה דומה תחול על מי שלא מנע מעשה טרור. מי שיחזיק פרסום או ייתן שירות שקשור בפרסום חומרי הזדהות עם ארגון טרור יהיה צפוי לעונש של שנתיים מאסר.
הכנה לביצוע עבירת טרור תגרור ענישה של מחצית העונש הקבוע לאותה עבירה, ואם העבירה היתה עבירה שעונשה מאסר עולם, יהיה 15 שנה.עוד נקבע בהצעת החוק, כי העובר עבירת טרור שדינה מאסר עולם ולא נקבע לה עונש חובה – דינו יהיה 30 שנות מאסר.
על פי הצעת החוק, שר הביטחון או הממשלה, לפי העניין, רשאים להכריז בצו על ארגון טרור, על בסיס בקשה מראש השב"כ ועל דעת מהיועץ המשפטי לממשלה. במקביל, הקבינט המדיני-ביטחוני יוכל להכריז על ארגון טרור שהתארגן בחו"ל, אם הכריז על כך ארגון מוסמך זר או מועצת הביטחון של האו"ם.
שרת המשפטים איילת שקד: "חוק המאבק בטרור שהובלתי הוא חוק חשוב ביותר, שייתן אמצעים לכוחות האכיפה והביטחון להילחם בטרור, ועם זאת הוא שומר על זכויות אדם. במלחמה של ישראל מול ארגוני הטרור – אין ספק שעשינו היום צעד חשוב בכיוון אי הכדאיות בהשתתפות בטרור נגד מדינת ישראל. הממשלה והכנסת ימשיכו להיות חוד החנית של העולם במלחמה בטרור. אני מודה לוועדת החוקה, בראשות ח"כ ניסן סלומינסקי, על אישור החוק. אני מודה למשנה ליועץ המשפטי לממשלה רז נזרי ולעו"ד נעמה פויכטונגר ממחלקת ייעוץ וחקיקה (פלילי) על העבודה הרבה בהכנת החוק".