גילאון הפנה לשפירא את הדברים במסגרת דיון שיזם חה״כ מיקי רוזנטל, שעניינו הגנה על חושפי שחיתויות, בהשתתפות מבקר המדינה עצמו.
גילאון אמר בדיון: ״רפי רותם הוא משל לאדם שהעז לעשות מעשה שלרבים נראה כמוטרף וחסר כל סיכוי - להתייצב כנגד כל הסיכויים, להסתכן, ולשלם מחיר כבד, ובלבד שהאמת תצא לאור, ותחטא את הריקבון העמוק השורר, לדאבוני, במקומות רבים מדי בשירות הציבורי.״
״מה שעבר על רותם מאז חשף את שחשף הוא מסכת של ייסורים והתנכלויות, שהדעת איננה יכולה לסבול. הוא בדיוק הדוגמה לאיך אסור שינהגו בחושפי שחיתויות ובאנשים שמעזים לקום ולומר את מה שרבים מנסים להשתיק. על מבקר המדינה לפרוש את חסותו על כל אותם חושפי שחיתויות, ולספק להם חומת הגנה ככל שנדרש, ובלבד שלא יאונה להם כל רע ושהמחיר שיאלצו לשלם על מעשיהם לא יהיה כה קשה מנשוא.״
״לאור הכרזת המבקר שהחליט לפתוח מחדש את החקירה בעניינו של רותם, נותר רק לתמוה האם אותה החלטה היתה מתקבלת לו היה נוהג רותם בצורה מנומסת יותר ומקבל את צו ההגנה שהוצע לו, מבלי שהמשיך את מאבקו הקולני בשחיתות.״
