עם הגשת כתב האישום המתוקן הגישו הצדדים הודעה, לפיה במסגרת הסדר טיעון אליו הגיעו הצדדים, הוסכם כי הנאשם יודה ויורשע בכתב האישום המתוקן והצדדים יעתרו במשותף כי יוטל עליו עונש של מאסר לריצוי בפועל למשך שלוש שנים וחצי, מאסר על תנאי, ותשלום בסך של 5,000,000 ₪ הכולל חילוט, קנס ותשלום חבות מס.
בכתב האישום, שהוגש במסגרת הסדר, נטען כי הרב מצגר ביצע במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל, עבירות רבות ובהן לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה, ועבירות מס, תוך שהוא פועל במסגרת תפקידו ומנצל את מעמדו הרם. כמו כן במהלך חקירת התיק ביצע הרב מצגר עבירות של שיבוש מהלכי משפט.
במהלך ביצוע העבירות וכתוצאה מהן, קיבל הרב שוחד בסך כולל של כ-5 מיליון ₪ ומתוכם נטל לכיסו סך של כ-3 מיליון ₪, לאחר שהתחלק בכספי השוחד עם נהגו, ששימש כשליחו לקבלת כספי העבירות. שאר הכסף עבר לנהגו.
כתב האישום כולל שישה אישומים בהם מואשם הרב מצגר.
האישום הראשון עוסק ב"פרשת הגיורים", במסגרתו נאשם הרב מצגר כי קיבל לכיסו טובות הנאה שמקורן בבעלי ממון תושבי חוץ אשר רצו להתגייר או לערוך בירורי יהדות, וביקשו את עצתו ועזרתו כרב הראשי לישראל.
הרב מצגר נאשם כי במהלך השנים 2012 – 2007, בשלוש הזדמנויות, הפנה מתגיירים תושבי חוץ לרב גבריאל כהן ששימש כרב וכאב בית דין בלוס אנג'לס. הרב מצגר עשה כן בעקבות הסכמה מוקדמת, לפיה הרב כהן יעביר לידיו מחצית מכל סכום שיתקבל מאותם תושבי חוץ. באותם שלושה מקרים, קיבל הרב מצגר סכומים משמעותיים - מחצית מהכספים שקיבל הרב כהן.
האישום השני עוסק בפרשת "אשכול העמותות", ובו נאשם הרב מצגר כי פעל יחד עם נהגו לגיוס תורמים לעמותות, בתמורה ל"עמלה", זאת תוך ניצול מעמדו ותפקידו כרב הראשי לישראל. הרב מצגר סיכם עם בעלי העמותות כי בתמורה לפעולותיהם שלו ושל נהגו, יתנו בעלי העמותות לרב מצגר עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בעמותות בעקבות המלצתו ופועלו. עבירות אלו ביצע הרב מצגר בעשרות מקרים ובקשר עם מספר עמותות בעת שכיהן כרב הראשי לישראל.
האישום השלישי עוסק בלקיחת שוחד על דרך של קבלת טובות הנאה שיטתית ע"י הרב מצגר במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל. טובות הנאה אלה קיבל הנאשם במספר רב של הזדמנויות, בין היתר במסגרת אירועים פרטיים שלו, וכן כתמורה לכך שהשתתף באירועים של נותני טובות ההנאה.
אישום נוסף עניינו קבלת דבר במרמה ממוסד תורני. על פי כתב האישום גייסו הנאשם ונהגו תרומות למוסד תורני. הרב מצגר נטל לכיסו סכום של עשרות אלפי דולרים מתוך התרומה שיועדה כולה למוסד התורני, מבלי שגילה לתורמים כי עשה כן.
האישום החמישי עוסק בעבירות המס, ובו נאשם הרב מצגר, כי לא שילם מס עבור הכנסותיו מהעבירות המפורטות בארבעת האישומים הראשונים בכתב האישום המתוקן.
באישום השישי נאשם הרב מצגר בשיבוש הליכי משפט בשתי הזדמנויות שונות, בהן פנה הנאשם לעד שהפליל אותו והפציר בו לדבוק בגרסה לפיה הנאשם לא ביצע כל עבירה, בכוונה להכשיל את ההליך השיפוטי שהתנהל נגדו.
