לאחר שחרורו מצה"ל, בשנים 1996-2000 שימש כיועץ המשפטי של משרד התשתיות הלאומיות, ובשנים 2000-2007 שימש כיועץ המשפטי של עיריית תל-אביב. בשנת 2007 מונה בן-ארי לתפקיד היועץ המשפטי למערכת הביטחון במקום צביה גרוס. בפברואר 2016 הודיע בן-ארי כי יפרוש לגמלאות עם הגיעו לגיל 67. לבקשת מנכ"ל משרד הביטחון, דחה בן-ארי את פרישתו במספר חודשים ויסיים רשמית את תפקידו ב 28.2.17.
שר הביטחון, אביגדור ליברמן: ''זה כמעט 40 שנה שאחז משרת את מדינת ישראל, קודם בצה״ל ואח״כ במשרדי הממשלה השונים ובעיריית ת״א. בשנים אלו הוביל אחז תהליכים ושינויים, הן בנושאי ביטחון והן בתחומים רבים נוספים ותרם רבות לאזרחי ישראל בכלל ולחיילי צה״ל בפרט. אני מודה לו על-כך ובטוח שהוא ימשיך לתרום למדינה גם לאחר פרישתו מן השירות הציבורי״.
מנכ"ל משרד הביטחון האלוף במיל' אודי אדם: "מערכת הביטחון זכתה בעשור האחרון ליועץ משפטי בעל שיעור קומה יוצא דופן אשר הוביל תהליכים החורגים מהייעוץ המשפטי גריידא. אני מודה לאחז על עשייתו הענפה שתרמה באופן ישיר לביטחון המדינה ואת פירותיה נראה עוד שנים קדימה."
