המרתף 'מדבר' בשפה יהודית, ובשונה מ"יד ושם", הוא אינו מנסה להיות אתר אוניברסלי שמסביר על השואה. זהו מקום פרטי ואינטימי, כמעט קדוש, מתוכו עולה קריאתו של ה' לקין: "קוֹל דְּמֵי אָחִיךָ צֹעֲקִים אֵלַי מִן הָאֲדָמָה". בזמן הביקור עוברים בין חדרים אפלים, על קירותיהם תלויות אינספור מצבות עם שמות של קהילות יהודיות שתושביהן נרצחו.
