במהלך הדיון טענה עו"ד לילה מרגלית מהאגודה לזכויות האזרח, המייצגת מלבד האגודה גם את ארגוני זכויות האדם יש דין והועד הציבורי נגד עינויים, כי האפליה בין ישראלים לפלסטינים בשטחים יוצרת שני סוגים של בני אדם, אחד מהם זכאי להליך פלילי הוגן ואילו השני לא. אזרח ישראלי, ובכלל זה מי שחי בשטחים הכבושים, נתון למרותה של מערכת המשפט הישראלית האזרחית ועל כן הוא זכאי בדרך כלל להיות מובא בפני שופט בתוך 24 שעות מרגע מעצרו. תושב פלסטיני, לעומת זאת, הכפוף למשפט הצבאי בשטחים, עשוי להמתין שמונה ימים במעצר בטרם יובא בפני שופט (צבאי).
בתגובה לדבריה של עו"ד מרגלית העירה הנשיאה ביניש כי אין הבחנה בין שני סוגים של בני אדם כי אם בין שתי מערכות של חוק. ביניש הוסיפה עוד כי במשך שנים לא הבינה מדוע יש לעכב את הבאתם של חשודים פלסטינים בפני שופט וכי לדעתה שלעניין זה לא צריך להיות שוני בין ישראלים לפלסטינים.
לקראת הדיון בבג"ץ הודיעה הפרקליטות על כוונה לתיקון החקיקה הצבאית באופן שיקצר את משך הזמן בו ניתן יהיה להחזיק במעצר פלסטינים תושבי השטחים ללא ביקורת שיפוטית. עם זאת, התקופות שהוצעו עדיין מפלות את הפלסטינים לרעה. הנשיאה ביניש ציינה כי יש לה הערות רבות על ההצעה ה"משופרת" של הפרקליטות והציעה לשקול קיצור נוסף של תקופות המעצר ללא ביקורת שיפוטית של פלסטינים בשטחים.
לדברי עו"ד לילה מרגלית, "אנחנו לא מבקשים למנוע מעצרים נחוצים, אלא להקנות לפלסטינים בשטחים את אותן זכויות בהליך הפלילי שישראלים החיים בשטחים נהנים מהן. לכל חשוד יש זכות לכך שחקירתו תתנהל תחת פיקוח שיפוטי הולם, כך מבטיחים חקירה הוגנת ומונעים עיוותי דין. כשם שהאזרחים הישראלים החיים בשטחים זכאים להגנות חיוניות אלה, כך גם שכניהם הפלסטינים."
"השינויים שהציגה הפרקליטות לבג"ץ עשויים להיות משמעותיים, אך עדיין לא זכינו למענה על השאלה העקרונית – מדוע בכלל יש הצדקה לקיום אפליה חוקית וממוסדת בין אדם לאדם ופגיעה מערכתית בזכות להליך הוגן."
בדיון הופיעה גם עו"ד סמדר בן-נתן, שהגישה גם היא עתירה בעניין זה מטעם משרד האסירים הפלסטיני.
